Kimia Medisinal 6
Pada pertemuan hubungan struktur & sifat fisika kimia dengan aktivitas biologis suatu turunan obat saya membahas mengenai turunan triazolopiperazin. Dari jurnal analisis hubungan kuantitatif struktur dan aktivitas senyawa turunan triazolopiperazin amida untuk mengetahui struktur dari turunan triazolopiperazin itu sendiri
Link video : https://youtu.be/jNtGTjwaGN4
Pada jurnal tersebut untuk menentukan model persamaan HKSA terbaik dengan memperhitungkan parameter-parameter r2, adjusted r2,SD Fhit/Ftab, dan PRESS. Pada jurnal saya temukan model persamaan HKSA dipilih untuk metode Semiempirik PM3 adalah model 5 karena bersesuaian dimana jumlah variabelnya sedikit, nilai PRESS yang diberikan kecil, dan harga Fhit/Ftab juga besar. Bagaimana dengan metode Semiempirik AM1 model persamaan HKSA seperti apa yang dipilih dan mengapa dipilih model tersebut?
ReplyDeleteUntuk pemilihannya sama seperti metode semiemperik AM1 dimana model yang terbaik adalah model yang memiliki harga r dan R2 yang relatif mendekati 1, harga Fhit/Ftab yang lebih kecil dari 1, harga press yang kecil maka model persamaan yang digunakan semakin akurat. Hal ini akan menandakan korelasi antara parameter elektronik dan molekuler (variabel bebas) dengan aktivitas inhibisinya (IC50) sangat kuat. Artinya adalah harga IC50 senyawa tersebut dapat diubah dengan cara merekayasa molekul hingga paramater elektronik dan molekuler sehingga parameter elektronik dan molekuler berubah
DeletePada jurnal tersebut untuk menganalisis hubungan kuantitatif struktur dan aktivitas senyawa turunan triazolopiperazin amida digunakan metode semiempirik AM1. Sedangkan pada jurnal yang saya temukan menggunakan metode semiempirik PM3 karena memiliki tingkat keakuratan yang tinggi dalam pemodelan senyawa obat. Mengapa digunakan metode semiempirik AM1 daripada pada mengguanakan metode PM3 yang jelas lebih tinggi keakuratan dalam pemodelan senyawa obat?
ReplyDeletePenggunaan metode semiempirik AM1 memiliki tingkat ketelitian cukup tinggi dan waktu perhitungannya relatif cepat. Model persamaan ini menghitung Medan gaya pada elektron valensi atom-atom dalan suatu molekul. Parameter yang dilibatkan dalam penelitian adalah parameter elektronik dan molekular.
DeletePada jurnal yang saya termukan untuk membantu memutuskan metode semiempirik mana yang lebih tepat dalam optimasi geometri senyawa turunan triazolopiperazin amida digunakan metode ab initio. Bagaimana cara metode ab initio dalam menentukan atau memutuskan metode semiempirik mana yang lebih tepat dalam optimasi geometri senyawa turunan triazolopiperazin amida yang akan digunakan?
ReplyDeletePenentuan metode yang lebih layak untuk optimasi senyawa turunan triazoloperazin amida dilakukan dengan cara membandingkan perhitungan metode semiempirik dengan metode ab initio dimana dengan cara menghitung struktur molekul dengan melibatkan seluruh eletron yang berada pada kulit atom dari suatu atom. Untuk perhitungan dilakukan hanya pada atom-atom rantai utama senyawa induk triazoloperazin amida sebelum tersubstitusi. Atom-atom yang dimaksud adalah C7, C8, C9 dan C10
Delete